Conformément aux Directives communautaires " Oiseaux " et " Habitats ", l'article L.414-4 du code de l'environnement prévoit que " les documents de planification, programmes ou projets ainsi que les manifestations ou intervention soumis à un régime administratif d'autorisation, d'approbation ou de déclaration au titre d'une législation ou d'une réglementation distincte de Natura 2000 ne font l'objet d'une évaluation des incidences Natura 2000 que s'ils figurent :

1° Soit sur une liste nationale établie par décret en Conseil d'Etat ;

2° Soit sur une liste locale, complémentaire de la liste nationale, arrêtée par l'autorité administrative compétente ".

Un décret publié au Journal Officiel du 11 avril 2010, codifie la liste nationale, les modalités d'élaboration de la liste locale complémentaire, les modalités de réalisation de l'évaluation des incidences, et de l'examen du dossier par l'administration. 

Un second décret, actuellement en cours d'élaboration, complètera le dispositif en créant un régime d'autorisation administrative propre à Natura 2000. Seront concernés des activités et projets qui ne sont par ailleurs soumis à aucun régime d'autorisation ou de déclaration.